水产养殖技术研究室主要开展水生生物的耐盐碱生物学和盐碱养殖生态系统研究，发展完善盐碱养殖环境质量优化与控制技术，建立盐碱水养殖规模化与标准化关键技术体系，探索盐碱水土资源的渔业综合利用；基于东海区不同养殖模式开展养殖生物学和生态学研究，建立健康高效养殖技术体系；开展养殖生物营养需求研究，开发新型饲料添加剂、营养强化剂与免疫增强剂，形成养殖生物品质调控技术；开展水产养殖病原生物学、致病机制和流行机制研究，建立增殖放流水生动物疫病检测技术与标准；开展渔用新型药物药动学、作用机制和新药创制研究，水生甲壳动物先天免疫与抗感染免疫调控研究，研发抗菌肽和寡肽等病控产品，建立水产养殖微生物的药物抗性评价标准和风险评估。