调查船管理中心主要负责调查船日常运行，编制运行管理规章制度；负责根据科研工作需要和航行条件，制定航次计划，组织船员配合科研人员开展海上调查工作；配合基建条件处完成新造调查船舶接收工作；配合基建条件处完成船载仪器设备的招标采购、安装调试和验收工作；负责建立调查船运行档案、档案的过程管理及归档工作；负责船员和技术人员的组织、培训、管理工作；负责组织开展科考设备、船用设备的日常维护、保养工作；负责调查船码头及配套设施的日常管理；负责制定调查船安全生产规程，经常性开展安全检查、演练，保障各种消防、安全设备的正常运转；承办所领导交办的其他工作。