针对由于人为过度利用和气候变化导致的近海渔业资源衰退现状，开展东海渔业资源的动态监测调查与现状评价、渔业生物实验生态、种质资源、人工鱼礁规划设计与效果评价、增殖放流效果评价、渔捞日志的自动采集与渔船的可视化监控、东海生态渔业管理措施与策略的决策咨询等公益性工作，为近海渔业资源的可持续利用和养护提出理论依据和技术支撑。同时结合科学发展目标，瞄准国家需求，解决国家在海洋生物资源利用和保护方面问题。

主要方向是：

（1） 研究鱼类分类学与生物地理学、渔业生物学、种群动力学及其补充机制、

（2） 河口和海洋生态系统动力学

（3） 渔业资源的可持续利用、渔业资源增殖放流

（4） 生态安全渔具渔法功能实验室

发展目标：坚持基础性、前瞻性和战略性的原则，全面增强实验室的科技创新能力，按照院功能实验室建设的理念，实行开放、流动、联合、竞争的运行机制，建设成为高效运行、开放的、具有一流水平的和持续发展的海区级渔业资源养护研究中心。通过集聚其他海区所以及东海区各省级水产研究所的科技力量和科研人才，构建东海区渔业资源研究创新平台。