针对我国水产品中持久性有机污染物和生物毒素的质量安全状况进行研究，特别是针对我国贝类产品中的贝类毒素、多氯联苯、多环芳烃等开展检测技术开发、安全性评价以及对消费者的风险性评估，最终成为我国在水产品有机污染物和海洋生物毒素检测、安全性评价的权威实验室。

主要研究方向包括：

（1）渔业环境中持久性有机污染物对水产品的安全性的影响，重点研究多氯联苯、多环芳烃、酚类物质；

（2）水产品中生物毒素的形成、富集以及消除规律研究，重点包括贝类毒素、河豚鱼毒素、西加毒素和组胺等；

（3）水产品中持久性有机污染物和生物毒素的现状分析及安全性评价技术研究。

发展目标：东海水产研究所于1995年开始从加拿大海洋生物研究所引进贝类毒素液相色谱检测技术，目前农业部水产品检测中心（上海）正在承担行业标准PSP和NSP的液相色谱-质谱法检测技术的研究工作，中心在2009年还参加了多氯联苯和有机氯农药等有机污染物的国际实验室比对，结果为满意，在有机污染物检测和贝类毒素研究方面在国内处于领先地位，中心目前在筹建农业部贝类产品质量安全检验中心，实验室的仪器设备条件在国内处于一流。实验室建成后将成为我国水产品有机污染物和生物毒素的检测与安全性评价的基准实验室。