1.第1联合工会小组（办公室、科研处、人事处）（含方辉所长、万一兵书记）：黄励

2.第2联合工会小组（财务处、基建条件处）（含高建芳副所长）：顾怡

3.第3联合工会小组（成果转化处、后勤处）：朱莹

4.第4联合工会小组（渔业信息与经济研究中心、长江口与东海渔业战略研究中心）：王茜

5.渔业生态环境研究室工会小组：蒋玫

6.水产品质量安全与加工研究室工会小组：顾润润

7.渔业资源研究室工会小组（含程家骅副所长）：李建生

8.水产养殖技术研究室工会小组：王元

9.捕捞与渔业工程研究室工会小组（含王鲁民副所长）：陈晓雪

10.遗传育种与生物技术研究室工会小组：王倩

11.渔业遥感与信息技术研究室工会小组：李家胜

12.河口与近岸渔业生态研究室工会小组：黄晓荣

13.调查船管理中心工会小组：徐捷

14.实验基地管理中心工会小组：周帅