上海海洋生物科普馆的前身是我所的鱼类标本陈列室，它是由我国著名鱼类学家朱元鼎教授于1952年创建的，是我国鱼类学研究最有成就和世界学术交流最多的一个标本陈列室。
我所的标本陈列室的标本采集主要以产地和市场的专业采集为主，以后大部分标本采集工作都与海洋调查紧密相联。先后参加的调查有： (1) 1959 年的全国海洋普查； (2) 1960-1963 年海岸带、黄浦江等调查； (3) 1963-1966 年的渔业调查； (4) 1972-1981 年的中上层、外海大陆架等调查； (5) 八十年代以后的全国区系调查、西非几内亚比绍渔业资源调查、东海区渔业资源动态监测网的资源调查等。在调查过程中采集了大量的水生生物标本，对其进行了鱼类形态、地理分布、区系特征及种群和群落生态等鱼类学的研究工作，目前共采集鱼类标本 1700 余种， 20000 余瓶，其中模式标本 50 余种，并在国内外期刊杂志上发表了 100 多篇学术论文。所有这些工作不仅为我国鱼类学发展发挥了重要作用，而且为我国海淡水渔业资源及远洋渔业资源的开发利用奠定了基础。
为了更好地保存和展示这些珍贵的鱼类标本， 2004 年我所成立了新鱼类标本馆建设项目工作组，经过近三年的努力，新馆于 2007 年 8 月正式开馆，整个展馆由珍品区、河口区、近海区、远洋区、深沟区、鱼骨贝壳区和渔船渔具模型馆七个部分组成，展示面积 1500 ㎡ , 展示了从馆藏标本中精选的 1200 余种、 2000 余瓶珍稀标本，其中有模式标本 33 余种、珍惜保护动物近 20 种。
新馆开馆以来先后接待农业部、上海市和各部委领导，接待来自美国、日本、加拿大等 30 多个国家的专家学者，近两年接待大中小学生和市民近万人次，充分发挥了新馆的学术交流和科普展示作用，并分别在 2009 年、 2010 年被上海市科委和中国科协命名为“上海市科普教育基地 ” 、“全国科普教育基地”，正式更名为 “ 上海海洋生物科普馆 ” 。
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