为整合全所科研资源，提高仪器设备使用效率，我所于2012年开始建设东海水产研究所公共实验室。公共实验室是我所科学研究的重要支撑平台，是整合所内大型科学仪器，面向院、所及社会共享共用的实验平台。

公共实验室隶属于基建条件处，由基建条件处对公共实验室的建设与运行管理实行统筹规划、统一管理，实行“统筹管理，专人负责，开放共享，有偿使用”的基本原则。其主要职能为：1、服务全所科学研究、学科建设，创造良好的科研实验条件。2、实现科研条件资源的优化和重组，促进仪器设备共享，提高使用效率,节约科研成本。3、培养专业技能优秀的实验技术人员。

目前，公共实验室下设生化试验室和水产品加工与综合利用试验室。实验室配备了一批具有国际先进水平的科研仪器，主要包括：高分辨飞行时间质谱仪1套（Agilent 1290-TOF-6224）、激光共聚焦扫描显微镜（Olympus FV1000）1套、全自动氨基酸分析仪(Agilent 1260) 1套、气相色谱仪(Agilent GC 7820) 1套、微生物细胞脂肪酸测定与鉴定系统(Agilent 7890) 1套、双螺杆挤压机1台。

实验室主要面向水产养殖、水产品加工与质量安全、天然产物资源利用、渔业生态环境等研究领域。可为开展水生生物基础生物学、水产动物饲料与营养学、海洋天然产物中活性物质开发利用、渔业环境因子检测分析、水产品有毒有害物质检测、水产品精深加工与微生物控制等研究提供研究平台。